Zanim przejdę do rzeczy, żeby uniknąć ewentualnych nieporozumień, wyjaśnię czym jest nieredukowalna złożoność i jak się prawidłowo argumentuje na rzecz tej koncepcji. Internet jest pełen rzekomej merytorycznej krytyki tej koncepcji. Nie jest to jednak krytyka oparta na rzetelnej i prawdziwej definicji nieredukowalnej złożoności. Twórcy tych krytyk, a właściwie krytyki, ponieważ powielają oni od siebie te same błędy, tworzą własną definicję nieredukowalnej złożoności,a następnie z nią polemizują.
Nieredukowalna złożoność
Dodatkowym testem pomagającym ustalić, czy elementy żywej komórki, o cechach zaawansowanych technicznie urządzeń, są inteligentnie zaprojektowane, jest stwierdzenie ich nieredukowalnej złożoności. Nieredukowalnie złożonym jest taki układ, który posiada NIEREDUKOWALNY RDZEŃ. Nieredukowalny rdzeń jest to zintegrowany kompleks nie posiadający elementów nadmiarowych ( redundantnych), to znaczy takich, które można by usunąć bez szkody dla prawidłowego funkcjonowania tego układu. Na przykład: samochód napędzany benzyną bez dwóch, czy trzech świec, z czterech potrzebnych, będzie jakoś funkcjonował. Natomiast silnik benzynowy pozbawiony wszystkich czterech świec nie nie będzie spełniał swojej funkcji. Dodatkowa sprężynka może wzmocnić siłę nacisku pułapki na myszy. Jednak pułapka na myszy pozbawiona jakiejkolwiek sprężynki nie będzie pełniła swojej funkcji łapania myszy. Tak zbudowany układ nieredukowalnie złożony [nieredukowalny rdzeń] przestaje funkcjonować po usunięciu jakiegokolwiek z elementów, jakie wchodzą w skład jego budowy.
Nieredukowalna złożoność pod względem funkcji
O nieredukowalnej złożoności pod względem funkcji mówimy wtedy, gdy konkretny zbór dopasowanych elementów tworzy urządzenie przeznaczone do pełnienia określonej funkcji. Takim urządzeniem jest np. pułapka na myszy. Choć poszczególne elementy tworzące pułapkę na myszy mogą pełnić inne funkcje, jako pojedyncze elementy, jak i części innych zintegrowanych urządzeń, to jednak dopiero zebrane wszystkie razem, dopasowanie do siebie i poskładane w kompletną pułapkę na myszy będą współpracować w celu łapania myszy .
Czy można stwierdzić iż układy o cechach zaawansowanych technicznie, inteligentnie zaprojektowanych urządzeń nie mogą powstawać inaczej niż tylko za pośrednictwem inteligentnego projektu?
Tak na dwa sposoby. (1) Powszechne wielopokoleniowe doświadczenie uczy nas, że takie urządzenia zawsze są inteligentnie projektowane i wytwarzane przez rozumne istoty. Na ziemi obecnie jedynie przez ludzi. (2) Jeżeli urządzenie biologiczne spełnia kryteria pozwalające je zaliczyć do zbioru układów nieredukowalnie złożonych, to takie urządzenie nie może powstawać na drodze stopniowego dodawania elementów, które wchodzą w skład jego budowy i na każdym z etapów takiego dodawania/ łączenia tych elementów zachowywać swojej funkcji. Np. pułapka na myszy nie będzie spełniała swojej funkcji łapania myszy dopóki do zbioru elementów tworzących pułapkę na myszy nie zostanie dołączony ostatni element. Przenosząc to na grunt nieredukowalnie złożonych urządzeń biologicznych/ molekularnych należy stwierdzić iż proponowane przez neodarwinistów mechanizmy ewolucji, to znaczy: mutacje, duplikacje genów oraz tasowanie domen, nie wyjaśniają, jak niekompletne układy biochemiczne mogły zdobywać przewagę selekcyjną i stopniowo ewoluować w stronę układów jakimi są współcześnie i funkcji, jakie dzisiaj spełniają
Krytyka modularnej hipotezy ewolucji syntazy ATP
Modularna hipoteza ewolucji syntazy ATP jest powszechnie znana pośród zainteresowanych ewolucjonizmem molekularnym i teorią inteligentnego projektu ludzi. Opis tej bajkowej historii obecny jest nawet w polskiej wikipedii, pod hasłem 'Syntaza ATP / ewolucja'. Nie będę więc wyważał otwartych drzwi i dosłownie zacytuję ten opis, który jest prawie dosłownym tłumaczeniem podobnego w angielskiej wikipedii. Inne opracowania, które znane mi są z internetu maja prawie identyczną treść. Po zacytowaniu wspomnianego opisu przejdę do krytycznej analizy hipotezy modularnej ewolucji syntazy ATP, dowodząc tego, że jest to opis fantastyczny i całkowicie oderwany od rzeczywistości biologicznej;
http://pl.wikipedia.org/wiki/Syntaza_ATP
„Hipoteza ewolucji modularnej syntazy ATP
Uważa się, że ewolucja syntazy ATP zachodziła modułowo. Obie domeny wraz ze swoimi wartościowościami połączyły się zyskując nową funkcję. Domena F1 wykazuje znaczne podobieństwo do heksamerycznej helikazy DNA, a domena Fo jest podobna do kompleksów tworzących motor molekularny napędzający wici komórek.
Heksamer α3β3 tworzący domenę F1 podobnie jak helikaza DNA składa się z obracającego się pierścienia z otworem pośrodku. U obu enzymów obroty pierścienia umożliwiają pełnienie funkcji. Helikaza DNA porusza się po helisie DNA przy jednoczesnej hydrolizie nukleotydów. Domena F1 wykorzystuje zmiany konformacyjne podczas obrotu podjednostki γ do przeprowadzenia reakcji enzymatycznej.
Jony H+ przepływające przez domenę Fo w bardzo podobny sposób jak przy napędzaniu motoru molekularnego poruszającego wicią. Ich wspólną cechą jest pierścień składający się z wielu alfa-helikalnych białek, które obracają się w stosunku do innych białek zużywając jednocześnie gradient protonowy jako źródło energii. Jest to jednakże dość wątły związek, ogólna struktura motorów molekularnych jest zdecydowanie większa, zawierają 30 polipeptydów, w porównaniu do 10, 11, lub 14 znanych polipeptydów domeny Fo.
Modułowa teoria pochodzenia syntazy ATP sugeruje, że dwie domeny o niezależnych funkcjach, helikaza DNA posiadająca właściwości ATPazy i motor molekularny napędzany siłą protonomotoryczną, mogły się połączyć i doprowadzić do odwrócenia właściwości ATPazy powstałej z helikazy DNA. Dalszy rozwój prowadziłby do powstania kompleksy syntazy ATP znanej dzisiaj. Alternatywnie kompleks helikazy DNA i motoru molekularnego mógł wykazywać początkowo aktywność ATPazy, która przenosiła jony H+ zużywając ATP. Dalsza ewolucja kompleksy mogłaby doprowadzić do odwrócenia przeprowadzanej reakcji i powstania funkcji spełnianej przez syntazę ATP.”
W czym helikaza różni się od domeny F-1, a w czym jest do niej podobna?
Hydroliza (rozkładanie) ATP w miejscach aktywnych wywołuje u helikazy zmiany konformacyjne, na zasadzie wielopostaciowych ‘skurczów’ elementów struktury tego molekularnego robota służącego do rozplatania DNA. Wydłużone domeny mają powinowactwo do DNA (lub DNA i RNA) i tam znajdują fizyczne oparcie. Podczas synchronicznych skurczów, polegających na zmianie konformacji odpowiednich domen, które można sobie wyobrazić, jako osobne motory, wywoływanych hydrolizą ATP helikaza wiruje w koło jednego łańcucha DNA i rozplata podwójną helisę. Strukturalnie domena F_1, agregat, który w syntazie ATP produkujący ATP z ADP, najbardziej przypomina helikazę Rho, biorącą udział w procesie transkrypcji. Helikaza Rho jest złożonym z sześciu podjednostek zależnym od ATP wyrafinowanym motorem molekularnym.
Te sześć podjednostek działa niczym sześć cylindrów w silniku. Właśnie podjednostki te przyjmują wiele różnych, precyzyjnych konformacji, co w harmonijny sposób pozwala temu molekularnemu robotowi wiązać się z kwasem nukleinowym i znajdując w nim fizyczne oparcie, wirować w koło jednej z nici rozplatając podwójną helisę.
http://www.youtube.com/watch?feature=pl ... 9OZL0jOmTU
http://www.youtube.com/watch?feature=pl ... jtmOZaIvS0
http://www.youtube.com/watch?feature=pl ... ePPQpoVUpM
powyżej na kilku ilustracjach: struktura, wygląd oraz schemat działania helikazy, molekularnego robota zasilanego energią pochodzącą z rozkładu ATP, który służy komórce do rozplatania dna i RNA.
Heksameryczna podjednostka F_1, służąca do syntezy ATP, choć jet podobna strukturalnie do helikazy, to posiada zupełnie inne funkcjonalne domeny, które pozwalają jejkomplementarnie dopasować się do siebie wzajemnie , oraz do wału,który łączy domenę F_1 z domeną F_o. Posiada ona również odpowiednie domeny, które pozwalają jej znaleźć fizyczne oparcie na stojanie. A więc w przeciwieństwie do helikazy domena F_1 jes tu rządzeniem stacjonarnym.
Pompa rotacyjna do produkcji ATP składa się z następujących podjednostek:
F1: α, β, δ, Υ, ε. Białka tworzące domenę F_1 występują w następujących ilości kopii α 3, β 3, δ 1, Υ 1 , ε 1. Podjednostki α i β są w pewnym sensie analogami (są do siebie bardzo podobne). Υ tworzy wał (układ rozrządu) wewnątrz pierścienia domeny F_1 utworzonego przez podjednostki α i β . U podstaw (od góry i dołu) podjednostki Υ znajdują się podjednostki δ i ε związane. z domeną F_1.
Na podjednostkę F_o składają się białka c tworzące rotor w liczbie co najmniej 10 jednostek. Stator tworzy polipeptyd oznaczony a. Stojan, na którym zakotwiczona jest podjednostka F_1 oznaczamy bb’. Wał łączący podjednostki F_1 i F_o wnika głęboko do podjednostki F_1 (α 3 i β 3), która jest sztywno zakotwiczona do przedłużenia statora, stojana oznaczonego symbolem b.
Odpowiednio ukształtowany wał w formę UKŁADU ROZRZĄDU powoduje, że podczas jego obrotów podjednostka F_1 (α i β) synchronicznie zmienia kształty (konformacje), co umożliwia jej syntezę ATP z ADP.
http://www.youtube.com/watch?feature=pl ... kP79bTd5aA
Podjednostka f_1 (α 3 i β 3), działa jak agregat. Agregat ten działa jak mechaniczna, wielofunkcyjna forma, która składa poszczególne elementy w jedną całość, w tym przypadku ADP+pi w ATP-jak pokazano na schemacie.
Odwrotna praca podjednostki F_1 ( α 3 i β 3+y), rozkładanie ATP z powrotem do ADP, skutkuje tym, iż działa ona jak silnik, który napędzany energią uzyskaną z rozkładu (hydrolizy) ATP kręci wałem, a za jego pośrednictwem rotorem. więc podczas odwrotnej pracy domeny F_1 staje się ona silnikiem, natomiast domena F_o przejmuje funkcję agregatu.
Cząsteczka ATP.
Czy w ogóle było możliwe aby helikaza mogła zacząć pełnić funkcję, jaką pełni domena F_1 ( α 3 i β 3)? W wyniku trywialnej zmiany w centrum aktywnym, która w przeszłości mogła się przyczynić do tego, aby odwrócić pierwotną możliwość helikazy pozwalającą hydrolizować (rozkładać) ATP do ADP, do możliwości syntezy ATP z ADP?
Odpowiedz na to pytanie jest stanowczo przecząca. Aby helikaza mogła stać się domeną F_1 (α i β) i aby mogła nabyć możliwości syntezy ATP, jako stacjonarny agregat, którego praca napędzana jest fizyczną siła rotacji, musiałaby przejść przez szereg skomplikowanych dostosowań. Przede wszystkim prekursor podjednostki F_1 ( α i β) musiałby wykształcić odpowiednie domeny, które poprzez fizyczny kontakt z odpowiednio ukształtowanym wałem (układem rozrządu) umożliwiałyby mu przyjmowanie odpowiednich konformacji, pozwalających na syntezęATP z ADP. Praca domeny F_1, jako agregatu syntetyzującego ATP z ADP wcale nie jest taka prosta, jak niektórym może się wydawać. Nie polega ona tylko na przemiennym wiązaniu ADP+Pi i przy kolejnym cyklu obrotu wału uwalnianiu gotowego produktu w postaci ATP. Choć i taki cykl byłby wystarczająco złożony. Przebieg procesu syntezy ATP zademonstruję na poniższym schemacie, a następnie go omówię, wyciągając z tej wiedzy odpowiednie wnioski.
Jak widać na uproszczonym schemacie wał wnikający do wnętrza podjednostki F_1 ( α i β) jest zbudowany asymetrycznie, co skutecznie umożliwia mu pełnienie funkcji układu rozrządu.
W przypadku syntezy ATP wymagane są trzy etapy, w których domena f_1 ( α 3 i β 3) zmienia konformacje na trzy sposoby:
.
[1] Konfiguracja otwarta niskiego powinowactwa. Konfiguracja ta umożliwia łączenie się ADP+Pi oraz uwalnianie ATP.
[2] Konfiguracja ‘zawężająca’, w której ADP+Pi są niejako dopasowywane do siebie przed ostatecznym złożeniem w kompletną cząsteczkę ATP.
[3] Konfiguracja zamknięta. W tej pozycji domena katalityczna ostatecznie łączy ADP+Pi w wyniku czego powstaje gotowa do uwolnienia cząsteczka ATP.
Zmiany te umożliwia domenie F_1 ( α i β) precyzyjnie dopasowany odcinek wału (układ rozrządu), który wnika pomiędzy enzymy tworzące agregat do syntezy ATP ( α 3 i β 3) i harmonijnie oddziałuje z precyzyjnie ukształtowanymi domenami tych enzymów.
Wprawdzie uczeni poddając odpowiednim mutacjom skrócili wał, tak iż wnikał on ledwie do podjednostki F_1, ale synteza ATP był kaleka (mało wydajna)choć zachowany był pełen obrót. Jednak wał taki można skracać tylko do pewnych granic, później już synteza ATP jest niemożliwa. Mimo skrócenia i tak musi on zachować odpowiednią konformację (kształt), ponieważ w przeciwnym razie synteza ATP nie zachodzi. Mimo skrócenia musi on pasować do górnych obszarów domen podjednostki F_1, które we współpracy z nim pozwalają mu działać na zasadzie układu rozrządu. A więc pewna forma rozkalibrowanej domeny F_1 będzie funkcjonować, niemniej z nieprawidłowo ukształtowanym wałem, lub bez wału domena ta syntetyzować ATP nie będzie.
http://www.youtube.com/watch?feature=pl ... 39W-XFPB8E
Prawidłowy i skrócony wał
Tutaj nie może być mowy o jakimś wieloetapowym, gradualistycznym, szlifowaniu tej funkcji przez dobór naturalny.
Uczeni badając pompę do syntezy ATP przeprowadzili kilka ciekawych doświadczeń. Otóż przy zastosowaniu technik molekularnych wywołali oni sztucznie (bez udziału statora i rotora) ruch obrotowy domeny F_1, co spowodowało syntezę ATP. Z jednej strony udowodniono, że taka synteza jest możliwa bez przepływu protonów przez domenę F_o. Z drugiej strony eksperyment wykazał, że podjednostka F_1 bez energii mechanicznej (rotacyjnej), pochodzącej z podjednostki F_o nie potrafi syntetyzować ATP!
Czy syntaza ATP mogła wyewoluować na drodze stopniowej ewolucji od prostszych prekursorów? Richard Dawkins się starzeje, ale nie jego twórczość. Każdy wyćwiczony obrońca neodarwinizmu jest zapoznany z podstawowym sloganem używanym przez Richarda Dawkinsa: „większa korzyść z ćwierć, czy połowy skrzydła niż z żadnego skrzydła” Jeżeli chodzi o skrzydło, to nie będę się spierał (choć i w tym przypadku można się spierać), ale jeżeli chodzi o maszynę do produkcji ATP, to z ćwierć silnika, czy połowy silnika do produkcji ATP żadna korzyść. Temat związany z proponowanym modelem ewolucji domeny F_1 omówiłem szeroko w pierwszej części niniejszego opracowania. I właściwie mógłbym na tym poprzestać, gdyż tego tematu dotyczy dyskusja. Postanowiłem jednak zamieścić w niniejszym opracowaniu kilka faktów odnośnie rozważań na temat ewolucji domeny F_o. W celu wyjaśniania wcześniejszych zagadnień posługiwałem się przemawiającymi do wyobraźni schematami poglądowymi. W przypadku rozważań nad możliwością ewolucji domeny F_o postąpię tak samo.
STATOR I ROTOR.
Szukając dobrego kandydata na ewolucyjnego prekursora statoraneodarwiniści wpadli na pomysł iż musiał nim być jakiś receptor, który początkowo umożliwiał spontaniczne przenikanie protonów do komórki. Następnie ich zdaniem zaczął on współpracować z rotorem.Szczegółów jednak nikt nie podaje, zdaniem głosicieli tej opowieści reszty w jakiś sposób dokonał dobór naturalny..
http://www.youtube.com/watch?feature=pl ... U-B7G6anqw
Na ilustracji widać działanie rotora, podjednostki F_o silnika do produkcji ATP.
Precyzyjne dopasowania statora i rotora oraz ich rozwiązania techniczne, które umożliwiają im prawidłowe działanie ,świadczą o dużej wiedzy inżynieryjnej autora tego molekularnego urządzenia.
Kanał , którym protony docierają do statora oraz kanał którym protony są odprowadzane na drugą stronę błony należą do tzw. kanałów sztywnych. Cały układ stator-rotor można sobie wyobrazić jako zmodyfikowaną maszynę losującą w toto-lotka.
Kanały, którymi wchodzą protony i następnie wychodzą po obrocie rotora na drugą stronę błony oraz kieszenie na białkach (c 10) tworzących rotor, które umożliwiają wiązanie protonów, musiały być od początku dopasowane (jak doskonale widać na załączonej ilustracji).
Przeważnie każdy polipeptyd toleruje w pewnych miejscach zmiany będące wynikiem mutacji w genach, które kodują ten polipeptyd. W przypadku białek c, które tworzą rotor jest tak samo. Pewne mutacje w genach kodujących te białka są neutralne.
Jednak mutacje w genach kodujących domeny umożliwiające wiązania protonów w każdym przypadku powodują paraliż funkcjonowania pompy do produkcji ATP. Rozważając poważnie i szczegółowo możliwość stopniowej ewolucji współpracy stator-rotor można dojść do analogicznego wniosku, jak w przypadku wcześniejszych rozważań nad możliwością ewolucji domeny F_1.Mianowicie należy założyć, że albo kompleks rotor-stator wyewoluował za jednym zamachem, albo, że został inteligentnie zaprojektowany. Innych opcji nie ma. Pomysł, że kompleks stator-rotor mógł stopniowo ewoluować z początkowo niedopasowanych prekursorów, jak „rozkalibrowany” receptor, dając przy tym coraz większe korzyści komórce, jest po prostu naiwnie śmieszny!
PODSUMUJMY:
Jakie przeszkody postawilibyśmy na drodze ewolucji prekursorów silnika do produkcji ATP, gdy się poważnie rozważy proponowane przez neodarwinistów drogi tej ewolucji? Jakie fakty powinny skłonić każdego rozsądnego człowieka do odrzucenia tych spekulacji?
(1) Niemożliwość naukowego modelowania stopniowej ewolucji domeny F_1 z takich prekursorów, jak HELIKAZY. (2) Niemożliwość modelowania stopniowej ewolucji kompleksu stator-rotor.
(3) Niemożliwość modelowania samego procesu połączenia się wcześniej autonomicznych modułów F_1 i F_o, które w ten sposób miały zacząć współpracę, jako współczesna pompa do produkcji ATP.
Wnioski: proponowana przez neodarwinistów hipoteza modularna w ewolucji pompy do produkcji ATP jest jałowa poznawczo. Jest wręcz intelektualnie pustą, w pośpiechu kleconą bajeczką, a co za tym idzie kompletnie bezużyteczną!
SUBTELNE DOPASOWANIA I BEZUŻYTECZNY ZŁOM.
Czy zdarzyło Ci się kiedyś składać maszynkę do mięsa? Czy pozwolisz sobie wmówić, że mogłaby ona powstawać stopniowo poprzez dorabianie i dodawanie kolejnych elementów i na każdym etapie zachowywać swoją funkcję, ewoluując w stronę coraz skuteczniejszego mielenia mięsa? Można sobie wyobrazić, że limak uczestniczący w mieleniu mięsa jest w jakiś sposób nie w pełni ukształtowany, ale na tyle rozdrabnia mięso, że potrafi ono przejść do kolejnego etapu i będąc przeciskane przez otwory w sicie “spełniać swoją funkcję”. Oczywiście sito będzie stawiać wówczas większy opór przez co wydajność będzie mniejsza.
Można sobie wyobrazić, że ten kaleki ślimak w kolejnych pokoleniach nabiera możliwości coraz skuteczniejszego mielenia mięsa, poprzez stopniowe nabieranie właściwego kształtu. Ale czy maszynka może ewoluować pod kątem coraz skuteczniejszego mielenia mięsa całkowicie pozbawiona ślimaka,lub JAKIEJKOLWIEK innej części niezbędnej do JAKIEGOKOLWIEK mielenia mięsa?
Powyższy schemat obrazuje (1) subtelne dopasowania elementów rotacyjnego silnika do produkcji ATP oraz (2) niedopasowania poszczególnych elementów silnika.
Podczas zakładanej, stopniowej ewolucji tego organu dobór naturalny musiałby eksperymentować z wieloma dostępnymi mu wariantami i wybierać najwłaściwsze (dobór naturalny nie ma charakteru procesu proroczego i nie potrafi przewidywać na przyszłość!). W przypadku ewolucji pompy do produkcji ATP taka stopniowa ewolucja była po prostu niemożliwa. pompa do produkcji ATP jest (jak i maszynka do mielenia mięsa) pod względem pełnionej funkcji urządzeniem nieredukowalnie złożonym.
Czy ktoś z Was zastanawiał się kiedyś ile bezużytecznych wariacji musiałoby powstawać podczas przypadkowego stopniowego powstawania syntazy ATP? Przecież, jak w przypadku śrubek i innych części maszynki do mielenia mięsa, tak i elementy składowe silnika do produkcji ATP muszą mieć odpowiednie
domeny białkowe, które umożliwiają im dopasowanie się do siebie wzajemnie oraz zakotwiczenie w błonie komórkowej. Te dopasowania są tak subtelne i najczęściej precyzyjne, że ich zakłócenia w wyniku mutacji uniemożliwiają prawidłową biogenezę (powstawanie w komórce) danego organu, a w dodatku mogą się przyczynić do tragicznego w skutkach zamieszania w żywej komórce. Zamieszania, które najczęściej prowadzi do jej śmierci!
Czy syntaza ATP posiada cechy zaawansowanego technicznie, inteligentnie zaprojektowanego urządzenia?
Definicja zaawansowanego technicznie inteligentnie zaprojektowanego urządzenia
O danym obiekcie możemy z całą pewnością twierdzić, że jest zaawansowanym technicznie urządzeniem inteligentnie zaprojektowanym wtedy, gdy można go podporządkować do zbioru obiektów/ desygnatów , które są podporządkowane tej samej nazwie, to znaczy które znajdują odpowiedniki w obiektach, o których z całą pewnością wiemy, że zostały inteligentnie zaprojektowane. Do wniosków, że jakieś obiekty zostały inteligentnie zaprojektowane dochodzimy na dwa sposoby. (1) Poprzez naoczne świadectwo ich wykonania przez inteligentnego projektanta. W tym przypadku chodzi o ludzkie wytwory zaawansowanej techniki. (2) Oraz za pośrednictwem analizy porównawczej, polegającej na porównywaniu ich z obiektami co, do których mamy pewność, że powstały za pośrednictwem inteligentnego projektu: z ludzkimi wytworami zaawansowanej techniki. Drugą (2) metodę stosujemy w przypadku obiektów, co do których tożsamości ich projektanta, oraz metod jego działania, nie da się stwierdzić na zasadzie samej analizy urządzenia o cechach inteligentnego projektu. Jak np. w przypadku zaawansowanych technicznie elementów żywej komórki.
Definicja zbioru wszystkich cech, jakie charakteryzują zaawansowany technicznie inteligentny projekt
O danym układzie powstałym za pośrednictwem ludzkiego projektu możemy mówić, że ma wszystkie cechy zaawansowanego technicznie urządzenia inteligentnie zaprojektowanego, gdy te cechy, to znaczy podzespoły wchodzące w jego skład, tworzą zintegrowaną (dopasowaną) całość, która wykonuje jakieś celowe, zaplanowane zadania/ pracę. Aby stwierdzić ich występowanie w przypadku molekularnych urządzeń obecnych w żywej komórce, ich pojedyncze podzespoły porównujemy z analogicznymi, które wchodzą w skład wytworów ludzkiej zaawansowanej techniki. Istnienie cech zaawansowanych technicznie urządzeń można stwierdzić na rozmaitych poziomach złożoności zaawansowanych technicznie urządzeń. Np. taką cechą może być poszczególny element tworzący jakieś złożone urządzenie molekularne w żywej komórce. Jak i zbiór różnych takich urządzeń tworzących jakąś większą zintegrowaną całość. Jak np. żywa komórka.
Pracę syntazy ATP możemy sobie wyobrazić, jako działanie silnika wodnego. Protony zasilające pracę rotora są „spiętrzone” po drugiej stronie błony niczym woda na tamie, a następnie ze wzmożoną siłą napędzają pracę rotora.
Rotacyjny silnik do produkcji ATP ma wszystkie cechy zaawansowanego technicznie i inteligentnie zaprojektowanego silnika.
Nauka nie zna możliwości samoistnego powstawania takich cudów przyrody. Ludzkie doświadczenie uczy, że mogły one powstać jedynie w wyniku inteligentnego projektu.
Nieporozumienia w związku z teorią inteligentnego projektu w oparciu o nieredukowaną złożoność układów biochemicznych
Zwolennicy wszelkiego ewolucjonizmu odwołującego się do samo -dziejstwa, w tym neodarwinizmu, w swojej krytyce teorii inteligentnego projektu, bazującego na powszechnie występującej w przyrodzie nieredukowalnej złożoności, posługują się często pozamerytoryczną argumentacją. Zamiast dostarczać modele teoretyczne, które pokazywałyby w jaki sposób biologiczne układy niekompletne mogły wyewoluować we współczesne kompleksy nieredukowalnie złożone starają się zmienić temat dyskusji kładąc nacisk na nieistotne dla sporu zagadnienie. Twierdzą, że dowodem potwierdzającym istnienie inteligentnego projektu w przyrodzie będzie dopiero użycie w eksperymencie autora tego projektu.
Tym samym usiłują sprowadzić dyskusję na obszary, które się nie poddają metodom naukowym, ponieważ na gruncie teoretycznych nauk przyrodniczych możemy jedynie dyskutować o PROJEKCIE nie zaś o PROJEKTANCIE. Ponieważ jedynie PROJEKT poddaje się analizie naukowej. Nie biorą pod uwagę faktu, że jeżeli jakiś obiekt ma WSZYSTKIE cechy zaawansowanego technicznie urządzenia inteligentnie zaprojektowanego, to nawet w przypadku niepoznania tożsamości projektanta taki obiekt nie przestaje łączyć w sobie tych wszystkich cech.
Parafrazując wniosek oponentów można by użyć następującej analogicznej metafory i stwierdzić:
„ Ta suszarka do włosów nie została zaprojektowana, choć wiąże wszystkie cechy zaawansowanego technicznie urządzenia, ponieważ nie znamy tożsamości projektanta Ixińskiego.”
Obiekt o cechach inteligentnego projektu nie musi nam nic mówić o tożsamości jego autora. Ale za to dużo o jego zdolnościach i pomysłowości. A nawet o cechach charakteru. Neodarwiniści nie chcą też pamiętać, że stwierdzenie istnienia nieredukowalnej złożoności w przyrodzie spełnia podstawowe kryterium falsyfikacji teorii ewolucji, którego autorem był sam Karol Darwin:
„ Gdyby można było wykazać, że istnieje jakikolwiek złożony narząd, który w żaden sposób nie mógł powstać wskutek następstwa wielu drobnych modyfikacji, moja teoria kompletnie by się załamała”. (‘O pochodzeniu gatunków’, str 151)
„Odciski palców” Projektanta nieredukowalnie złożonych kompleksów biochemicznych
Na krześle, które ma niewątpliwie wszystkie cechy urządzenia, w pewnym sensie ,zaawansowanego technicznie możemy znaleźć ślady hebla i w ten sposób ustalić, jakimi metodami zostało ono wykonane. Jednak istnieją krzesła wykonane w inny sposób i z innych materiałów niż drewno. W przypadku, gdyby takie krzesło zostało znalezione przez ludzi, którzy żyją na etapie wytwarzania krzeseł wyłącznie heblami i wyłącznie z drewna i nie mając pojęcia o innych technologiach, plastikowe krzesło wywołałoby poruszenie i zadziwienie. Ale czy ci ludzie doszliby do wniosku, że to krzesło powstało samoistnie: Nie, ponieważ ich doświadczenie pouczałoby ich, że podobne krzesła mogą być tylko i wyłącznie efektami działalności inteligentnego projektanta! Wystarczyłoby proste porównanie tego krzesła z krzesłami, które sami produkują. Oczywiście na elementach żywej komórki, w tym na syntazie ATP, nie ma napisu firmowego ‘Made in heaven’, ale czy to ślady hebla świadczą o inteligentnym zaprojektowaniu krzesła, czy samo krzesło o tym dobitnie świadczy?
Argumenty ze złej i dobrej analogii
Czasami się zdarza, że biologowie ewolucjoniści, zarzucają zwolennikom teorii inteligentnego projektu, że ci porównując urządzenia molekularne do zaawansowanych technicznie urządzeń produkowanych przez człowieka popełniają błąd logiczny ze złej analogii (False analogy). Opierają jednak swoje twierdzenia na dwojakich normach w stosowanej przez nich metodzie wykrywania inteligentnego projektu.
Dwojakie normy w określaniu inteligentnego projektu
Rozważmy kilka typów silników istniejących na ziemi i rozważmy, czy silniki złożone z metalu, drewna, czy plastiku różnią się na tyle od silników biologicznych, że można stosować dwojakie normy i jedne uznawać na inteligentnie zaprojektowane, a inne za skutek nierozumnych czynników sprawczych. Metalowy, elektryczny silnik jest zbudowany z innego materiału niż niektóre rotacyjne silniki wodne, czy wiatrowe, wykonane z drewna czy z plastiku. Nie ma jednak większych różnić w ich budowie i sposobie działania, ponieważ ich budowa i funkcje opierają się niemal na identycznych zasadach. Silniki molekularne nie są organizmami żywymi, tylko ich składnikami. Zaawansowanymi technicznie urządzeniami, które pełnią w nich określone funkcje. Nie są wprawdzie silnikami wykonanymi z metalu czy plastiku, ale z aminokwasów, które [choć nie wszystkie] tak samo, jak np. metale naturalnie występują w przyrodzie, poza organizmami żywymi [silniki drewniane są zbudowane z masy, która była żywa, czyli też w pewnym sensie z aminokwasów]. Struktura i funkcja silników biologicznych są zgodne z powszechnie przyjętą definicją silnika czy to elektrycznego, plastikowego, czy wodnego . A więc i z definicją nieredukowalnie złożonego urządzenia zaawansowanego technicznie i inteligentnie zaprojektowanego.