Prawdopodobieństwo samoistnego powstanie życia

[biooslawek]

Na Forum katolików jest prowadzona dyskusja na pokrewny temat:

http://www.dyskusje.katolik.pl/viewtopi ... 85#p815885

I u ateistów też:

http://ateista.pl/showthread.php?t=11582&page=2

[fauxpas]

I u ateistów też:

http://ateista.pl/showthread.php?t=11582&page=2

Wow, do dziś nie odpowiedziałeś na pytania pilastra? Czy tu, poza tamtym forum, mógłbyś napisać, czemu tego nigdy nie zrobiłeś?

[biooslawek]

I u ateistów też:

http://ateista.pl/showthread.php?t=11582&page=2

Wow, do dziś nie odpowiedziałeś na pytania pilastra? Czy tu, poza tamtym forum, mógłbyś napisać, czemu tego nigdy nie zrobiłeś?

Tak się złozyło, że nie tylko mi podpadał ten bełkot Pilastera, który ty nazywasz "pytaniami bez odpowiedzi". Na Forum Katolików dostał ostrzeżenie i zakaz spamowania tymi swoimi "pytaniami". Moderator, ktory dał ten zakaz jest bardzo przychylny ewolucjonistom, więc powinno cię to dziwić. Pilasterowi natomiast złoiłem skórę w temacie (a)biogenezy http://www.dyskusje.katolik.pl/viewtopi ... 2&start=90 przy okazji wykazując mu, że jest nieukiem i arogantem. Pilaster zdezerterował i uciekł od dyskusji, a ja nie będę kopal leżącego.

[biooslawek]

I u ateistów też:

http://ateista.pl/showthread.php?t=11582&page=2

Wow, do dziś nie odpowiedziałeś na pytania pilastra? Czy tu, poza tamtym forum, mógłbyś napisać, czemu tego nigdy nie zrobiłeś?

A tak wogole, to dobrze będzie, jak każdy tutaj poczyta moje dyskusje z Pilasterem na temat pochodzenia życia. Usiadłem i pozbierałem to wszystko w sensowny artykuł i tutaj zamieszczam. Materiał jest ciekawy, więc żywię nadzieję, że tutejsi gościnni Moderatorzy nie będą mieli nic przeciwko temu. A ciebie bym bardzo prosił, żebyś co nieco skomentował z tego materiałui. Przyjmę każdą cenną uwagę od takiego fachowca, jak ty.

POTWÓR SPIEGELMANA KONTRA WIEDZA PILASTERA



Pilaster napisał:

Zauważmy przy okazji, że gdyby bioslawek przeczytał którąkolwiek z prezentowanych przez siebie książek, to wiedziałby co to jest potwór Spiegelmana Ponieważ jednak bioslawek tego nie wie, to znaczy,że żadnej z tych książek nie przeczytał (....)

Na początek zacytuję wikipedię, żebyś mógł przeczytać na czym polegał eksperyment Spiegelmana. O tym pisał Góralski :

http://www.ewolucja.org/w3/d3/d31-1a.html

„(.....)Inna seria doswiadczeń, które przeprowadzano jeszcze przed odkryciami zespołu Cecha, mających istotne znaczenie dla naszego zrozumienia procesów które mogły dać początek życiu, byly doświadczenia nad tzw. "ewolucją w próbówce". Klasycznym przykładem tych doświadczeń są eksperymenty z użyciem Qß replikazy. Qß replikaza jest enzymem występującym w wirusie Qß infekującym bakterie E. coli i ma tą interesująca właściwość że doskonale nadaje się do kopiowania cząsteczek RNA in vitro (czyli "w probówce"), przy czym zależnie od sekwencji nukleotydów w cząsteczce RNA kopiuje ją łatwiej lub trudniej.

Jeśli więc umieścimy w próbówce Qß (Q beta) replikazę, cząsteczki RNA służące jako matryce do kopiowania, monomery budujące RNA (ADP, GTP, UTP oraz CTP) oraz zapewnimy odpowiednie środowisko w roztworze (pH, stężenie soli itd.) enzym zacznie kopiować łańcuchy RNA.
Kopiowanie to jednak nie jest idealne, mniej więcej 1/10 000 nukleotydów/replikację pojawia się błąd w kopiowaniu czyli po prostu mutacja. W praktyce doświadczenie wygląda w ten sposób że w próbówce umieszcza się wszystkie potrzebne składniki, po jakimś czasie pobiera się z niej kroplę i wpuszcza ją do następnej probówki zawiekrającej Qß replikazę oraz monomery, po pewnym czasie znów się pobiera kroplę itd...

Jak wspomniałem, jedne cząsteczki RNA są kopiowane bardziej wydajnie od innych, na co ma wplyw dlugość łańcucha oraz sekwencja nukleotydów. Mutacje mogą powodować zwiększenie wydajności kopiowania danej cząsteczki lub też spowodować że będzie ona replikowana gorzej. Dochodzi w tej sytuacji do swego rodzaju współzawodnictwa między cząsteczkami czyli doboru.
Tak więc mamy tu do czynienia z istnieniem podstawowych mechanizmów ewolucji czyli zmienności genetycznej, mutacji pozwalających na pojawianie się nowych sekwencji oraz doboru. Można się więc spodziewać iż w tym układzie zaobserwujemy ewolucję na poziomie cząsteczkowym.

Rzeczywiście, jeśli na początku do roztworu zawierającego Qß replikazę oraz monomery doda się jakis typ RNA, obserwuje sie w trakcie doświadczenia zwiększanie różnorodności cząsteczek a potem jej zmniejszanie i w końcu otrzymuje sie populacje cząsteczek RNA o bardzo zbliżonej budowie replikujących się z maksymalną w danych warunkach wydajnością (czyli cząsteczki najlepiej dostosowane do tych warunków). Co ciekawe, jeśli do roztworu w którym przebiega reakcja doda się jakiegoś związku który hamuje proces replikacji to replikacja na jakiś czas mocno zwalnia ale po jakimś czasie pojawiają się w roztworze cząsteczki RNA o takiej budowie, że się skutecznie replikują w zmienionych warunkach.
Tak więc w zależności od "niszy ekologicznej" do której dostosowuje sie RNA, ewolucja tych cząsteczek przebiega w różnych kierunkach. Podobne warunki zwykle prowadzą do wytworzenia podobnych produktów tej selekcji.
Co ciekawe, jako jeden z produktów tych doświadczeń otrzymano odcinek RNA który jest bardzo podobny do struktury znajdowanej w zainfekowanych E. coli. W warunkach naturalnych jest on jakby "superpasożytem" włączającym sie do genomu wirusa Qß. Tak więc in vitro, drogą ślepych mutacji i doboru otrzymaliśmy strukturę RNA wystepującąa w naturze, a przynajmniej bardzo do niej podobną.

Interesujące było również spostrzeżenie że w roztworze do którego nie dodano na początku żadnej cząsteczki RNA, po jakimś czasie również pojawiało się RNA i następnie ewoluowało. Wygląda więc na to że Qß replikaza może zsytetyzować RNA również bez udziału matrycy.”

http://en.wikipedia.org/wiki/Spiegelman_Monster

„Spiegelman introduced RNA from a simple Bacteriophage Qβ (Qβ) into a solution which contained the RNA replication enzyme RNA replicase from the Qβ virus Q-Beta Replicase, some free nucleotides and some salts. In this environment, the RNA started to replicate. After a while, Spiegelman took some RNA and moved it to another tube with fresh solution. This process was repeated.

Shorter RNA chains were able to replicate faster, so the RNA became shorter and shorter as selection favored speed. After 74 generations, the original strand with 4,500 nucleotide bases ended up as a dwarf genome with only 218 bases. Such a short RNA had been able to replicate very quickly in these unnatural circumstances.

In 1997, Eigen and Oehlenschlager showed that the Spiegelman monster eventually becomes even shorter, containing only 48 or 54 nucleotides, which are simply the binding sites for the reproducing enzyme RNA replicase.

M. Sumper and R. Luce of Eigen's laboratory demonstrated that a mixture containing no RNA at all but only RNA bases and Q-Beta Replicase can, under the right conditions, spontaneously generate self-replicating RNA which evolves into a form similar to Spiegelman's Monster

Tak się składa, że to ty nie czytałeś książki Nicka Lane "Największe wynalazki ewolucji", ponieważ w poprzednim poście wyraźnie ci napisałem, gdzie w tej książce napisano o "Potworze Spiegelmana" (ok. 50 nukleotydów). Ale widzę, że muszę to zrobić jeszcze raz. RoZdział 2, strony od 75 do 77.”

A teraz nawet zacytuję, co napisano w książce, którą rzekomo czytałeś, a której, jak twierdzisz, ja nie czytałem:

[b]STRONA 76:[/b]

„Wrzućmy do probówki RNA razem z z innymi podstawowymi składnikami i energią (pod postacią ATP) a zacznie się ono replikować. Właściwie nie będzie się jedynie kopiować, lecz jak odkrył biolog molekularny Sol Spiegelman, wraz ze współpracownikami, zacznie ewoluować. Kolejne RNA w probówce będą powielać się coraz szybciej i osiągną w końcu wręcz monstrualną wydajność. Staną się wtedy „potworem Spiegelmana” (Spiegelman's monsters) , wydajnie replikującą się nicią RNA zdolną do najbardziej niezgodnego z naturą istnienia. Co ciekawe nie ma znaczenia od czego eksperyment się zaczyna – można wystartować z materiałem genetycznym wirusa lub dowolnie zsyntetyzowanym fragmentem RNA. Można nawet go rozpocząć od mieszaniny nukleotydów i polimerazy, która je ze sobą spina. Bez względu na to od czego zaczniemy zawsze ujawni się tendencja do powstania potwora, tego samego szaleńczo replikującego się kawałka RNA LICZĄCEGO SOBIE ZALEDWIE 50 NUKLEOTYDÓW, POTWORA SPIEGELMANA. Oto dzień świstaka w molekularnym świecie.(....)

( I terazUWAGA!)

(….)Tyle tylko, że potwór Spiegelmana nie staje się bardziej złożony. ROZCIĄGA SIĘ JEDYNIE NA 50 NUKLEOTYDÓW, BO JEST TO SEKWENCJA, DO KTÓREJ PRZYŁĄCZA SIĘ REPLIKAZA RNA (RNA zależna polimeraza RNA), BEZ KTÓREJ NIĆ WOGÓLE BY SIĘ NIE MOGŁA POWIELAĆ. Z tego powodu RNA nie może zajrzeć poza czubek własnego nosa, I NOGDY NIE WYTWORZY W ROZTWORZE JAKIEGOKOLWIEK ZŁOŻONEGO UKŁADU. W jaki więc sposób RNA zaczęło w końcu kodować białka i to kosztem częściowej utraty własnej szybkości replikacji? Jedyny sposób na to, by wydostać się z tego zaklętego kręgu wymaga innego podejścia do tego zagadnienia:(...)

(I teraz UWAGA!)

(….) SELEKCJA MUSIAŁA ZAJŚĆ NA „WYŻSZYM POZIOMIE”, RNA MUSIAŁO STAĆ SIĘ CZĘŚCIĄ WIĘKSZEGO BYTU, BĘDĄCĄ NOWĄ JEDNOSTKĄ PODSTAWOWĄ PODLEGAJĄCĄ SELEKCJI(......)

(I teraz UWAGA!)

(….)NA PRZYKŁAD KOMÓRKI.(....)

(I dalej)

(….)Problem polega na tym, że wszystkie żywe komórki są zbyt skomplikowane, by mogły pojawić się ot tak sobie, bez udziału ewolucji, a to oznacza, że ich selekcja pod kątem określonych szlaków metabolicznych MUSIAŁA ZACHODZŚNIEJ, NIŻ SELEKCJA FAWORYZUJĄCA SZYBKOŚĆ REPLIKACJI RNA. A WIĘC PONOWNIE MAMY DO CZYNIENIA Z SYTUACJĄ „JAJKA I KURY”.(.....)”

W dalszej części autor proponuje rozwiązanie tego paradoksu w rodzaju „kura czy jajo”. Najpierw zapewnia, że wraz z czytelnikami (z pewnością nie ze mną) ustalił już, że RNA przerywa „zamknięty krąg „kura i jajo”. Chociaż tak nie jest ponieważ najnowsze badania wskazują, że RNA ma przereklamowane zdolności katalityczne (cięcie i łączenie, to znaczy ma zdolności endonukleazy i ligazy). Poza tym uczeni stwierdzili doświadczalnie, że większe, a co za tym idzie bardziej wydajne rybozymy są bardzo niestabilne i do przyjęcia odpowiedniej konformacji potrzebują białek opiekuńczych. A żeby zachować odpowiedni kształt (konformację) potrzebują innych białek, które przez cały czas stabilizują ich konformację. Pisałem o tym wszystkim w poprzednim poście, podając namiary na odpowiednią literaturę naukową. Można też o tym poczytać tutaj http://bioslawek.files.wordpress.com/2012/02/na-bezrybiu-i-rak-ryba.pdf

Czytając książkę Nicka Lane'a „Największe wynalazki ewolucji” zachodziłem w głowę dlaczego ta nagrodzona książka o tym nie wspomniała, bo przecież te fakty dotyczące rybozymów (ich zdolności katalitycznych, zdolności do przyjmowania odpowiedniej konformacji oraz małej stabilności) są powszechnie znane już od dawna! Nie wierzę, żeby taki znany biochemik jak Nick Lane o tym nie wiedział! Prawda jest taka, że zataił te fakty, żeby móc przejść do dalszej części swojego pseudonaukowego wywodu. Twierdzi teraz, że komórkowe życie poprzedzające replikację było oparte na METABOLIŹMIE. A rolę samych komórek (otoczek błonowych itd.) spełniały pory w kominach hydrotermalnych. Następnie zdaniem Lane'a NIEWYDALNIE replikujące się RNA jeszcze mniej wydajnie niż w doświadczeniu z potworem Spiegelmana, ponieważ do swojego eksperymenty Spiegelman użył polimerazy RNA, to znaczy białkowego enzymu, którego nie mogło być na początku ewolucji życia, gdyż ta biochemiczna maszyna jest zbyt złożona. A więc, jak napisałem w innym poście, wchodził tutaj w grę jedynie typ replikac ji na zasadzie przyłączania się pojedynczych rybonukleotydów do matrycy podczas naprzemiennego ogrzewania i oziębiania środowiska tych porów.
Czyli propozycja podobna do tej, jaką zaproponował Jack Szostak, co opisałem w poprzednim poście i w zalinowanym wyżej artykule. Można obejrzeć zrobione przeze mnie ilustracje. Wówczas każdemu będzie łatwiej zrozumieć na czym ta replikacja polega i dlaczego nie mogła doprowadzić po powstania życia i prawdziwej replikacji. W DALSZYM CIĄGU SWOJEGO SPRZECZNEGO Z ROZUMIEM WYWODU Lane twierdzi, że na początku różne aminokwasy łączyły się z różnymi fragmentami RNA, jako kofaktory, co rzekomo zwiększało ich zdolności enzymatyczne. Ten „proces”, zdaniem Lane'a, spowodował, że „powstanie białek stało się nieuchronne”. Ponadto Lane twierdzi, ze podczas tej niesprecyzowanej replikacji opartej na niesprecyzowanym metabolizmie ilość komponentów tworzących te układy wzrastała i wówczas poprzez połączenia między porami, za przyczyną cyrkulacji spowodowanej różnicami temperatur, część tych produktów przemieszczała się do kolejnej pory. Tak zdaniem tego bajkopisarza miała wyglądać pierwotna replikacja, która jakimś cudem dała początek żywej komórce (LUCA) , która RZEKOMO dała początek wszystkim żywym organizmom, a więc musiałaby być podobna do współczesnej bakterii. Która to bakteria bardziej przypomina człowieka niż bajkowe procesy mgliście naszkicowane przez Nicka Lane'a.


Pilasterze: w poprzednim poście napisałem, żebyś nie zaczynał od tak trudnej dla ciebie (choć dziecinnie łatwej dla kogoś, kto ma odpowiednie podstawy) literatury popularnonaukowej, tylko żebyś zaczął od podręczników dla gimnazjalistów. Wówczas będziesz mógł łatwo zauważyć, kiedy oszukuje cię taki szarlatan, jak Nick Lane.

Dzisiaj można rozmontować żywe komórki na polimery i monomery i wszystko wymieszać w porach hydrotermalnych. Można do woli to wszystko oziębiać i ochładzać, puszczać przez to prąd, dodawać cały czas substraty: czy w taki sposób powstanie życie? Dlaczego więc miało się to udać z tych porach przy udziale molekularnych śmieci i szlamu?

No i na koniec; Pilasterze i co się okazało? Kto z nas dwóch nie czytał książki Nicka Lane'a i jej nie zrozumiał? Kiedy czytałem twój wczorajszy post widziałem, jak nieudolnie cytujesz z tej książki nie pojmując treści cytatów i nawet było mi ciebie szkoda. No ale cóż za swoją arogancję zasłużyłeś na takie skarcenie. Jak to mówi Biblia „Przed upadkiem kroczy pycha”.

Widzisz Pilasterze; jak zostałeś przyciśnięty do mury i zamiast wklejania swojego spamu kazano napisać ci coś na temat, to się okazało, że tak naprawdę nie masz nic do napisania, ponieważ jesteś gawędziarzem amatorek, który nie ma zielonego pojęcia o podstawach biologii. W każdym poście piszesz coraz mniej i mniej, bo tak naprawdę nie masz pojęcia, jak się obronić w obliczu twardych faktów i rzetelnej wiedzy.

No i nie odpowiedziałeś mi na pytanie, które dotyczyło polimerazy, która potrafi łączyć nukleotydy bez matrycy. Więc jaki to typ polimerazy i w jakich procesach komórkowych bierze udział?

http://profiles.nlm.nih.gov/ps/access/PXBBJR.jpg
Sol Spiegelman

NotInPortland napisał:

wierdzisz, że pytania pilastra o prawdopodobieństwa są nie na temat?
Policzył je Fred Hoyle - znany astronom i matematyk. Dlaczego więc mam po nim poprawiać? Niech Pilaster przeczyta sobie jego książkę i wszystko będzie wiedział.

Ja natomiast przechodzę do rzeczy i odpowiadam na dalsze zarzuty Pilastera:

CZY ROZWAŻANIA TEORETYCZNE, JAKIE ZAPREZENTOWAŁ NICK LANE SĄ PODOBNE DO TYCH, JAKIE ZAPREZENTOWAŁ JACK SZOSTAK. CZYLI ZNOWU O TYM CZEGO NIE POJMUJE PILASTER..

Oho, bisolawek, jak widać, dostał jednak od ciała kierowniczego, dyspensę na lekturę wrażej literatury (a przynajmniej pierwszych dwóch rozdziałów) Widać że jest bioslawek w swoim zborze kimś bardzo ważnym, rodzajem wyspecjalizowanej broni do atakowania nauki. Żaden szeregowy głosiciel nie dostąpiłby takiej łaski

Widzę, że robienie z siebie pajaca przynosi ci jakąś ulgę. No cóż jeżeli pozwoli ci się to nie zabić o ścianę, to spamuj sobie dalej. Wiedz jednak, że braków w swojej wiedzy takim sposobem nie zakryjesz, bowiem szyderstwa są oparte na błędach logicznych. Zacytuje tutaj regułki, żeby każdy wiedział z kim ma naprawdę do czynienia:

Appeal to utility - Ten błąd logiczny powstaje wówczas, gdy ktoś próbuje obalić czyjąś tezę jedynie za pomocą twierdzenia, że zwolennik tej tezy broni jej tylko i wyłącznie z powodów osobistych lub emocjonalnych.

Poza tym popełniasz notorycznie błąd logiczny Humor or ridicule -Ten błąd powstaje wtedy, gdy ktoś zamiast podjąć polemikę z argumentami oponenta tylko żartuje lub szydzi z niego, aby w ten sposób wynieść się ponad jego racje oraz sprawić wrażenie, że argumentacja oponenta jest śmieszna lub głupia, a zatem pozbawiona znaczenia. Jest to bardzo często spotykane u sceptyków, racjonalistów i ateistów, którzy zamiast podjąć polemikę z argumentacją starają się jedynie ją ośmieszać i zniesławiać, bez podjęcia jakiejkolwiek z nią polemiki.

Niestety dla niego, nic z tego co zacytował, a także z tego co pominął, albowiem jak wszyscy kreacjoniści bioslawek cytuje wyrywając cytaty z kontekstu, nie stoi w sprzeczności z tym co napisał pilaster. I raczej nie byłaby możliwa sytuacja odwrotna, ponieważ pilaster właśnie na Lane'm się opierał.

No to lecimy dalej. Skoro twierdzisz, że ja coś wyrwałem z kontekstu, to zobaczymy, czy ten kontekst zacytowaleś.

W szczególności nie twierdzi już bioslawek, jakoby zdaniem Lane RNA jest "zbyt skomplikowane" żeby powstać samodzielnie

Człowieku czy ty potrafisz czytać ze zrozumieniem, czy ty potrafisz wyciągać prawidłowe wnioski? A co wynika z fragmentu, który ci zacytowałem w poprzednim poście? Że dopiero po przygotowaniu mieszaniny złożonej z wysokoenergetycznych rybonukleotydów i replikazy można uzyskać łańcuch złożony z 50 rybonukleotydów. Gdzie Lane twierdzi, że mogą spontanicznie powstawać tak długie łańcuchy RNA?

Na stronie 37 Lane napisał:

„(....)Russelowkie kominy zasadowe spełniają kryteria kolebki życia. Swą częścią systemu przemieszczającego skorupę ziemską i odpowiadają za zjawisko wulkanizmu. Pozostają w wiecznej nierównowadze z oceanami, zapewniając, stałe bulgocące dostawy wodoru, wchodzące w reakcję z dwutlenkiem węgla, dzięki czemu powstają związki organiczne, dzięki czemu powstawanie polimerów jak RNA staje się PRAWDOPODOBNIEJSZE (O CZYM PRZEKONAMY SIĘ W NASTĘPNYM ROZDZIALE).”

A o czym „przekonujemy się” w następnym rozdziale?

Na stronach od 73 – do 75 Lane przyznaje, że większe polimery złożone RNA nie miały szans powstać w praoceanie, gdyż następował problem ze stężeniem (o czym napisałem w poprzednich postach). Następnie powołując się na TEORETYCZNE ROZWAŻANIA (takie, jakie się prowadzi przy laptopie pijąc z kumplem piwo w jakiejś knajpce) M. Russela i Dietera Brauna twierdzi, że takie stężenia były osiągalne w porach kominów hydrotermalnych. Jego zdaniem ROZWAŻANIA TEORETYCZNE Russela i Brauna tego dowodzą. Warto zdać sobie tutaj pytanie: A GDZIE DOŚWIADCZENIA EMPIRYCZNE? No, ale zostawmy to na razie i zaznaczmy kolejny raz czego Pilaster nie rozumie. W dalszej części swojego wywodu Nick Lane proponuje (jak już wielokrotnie, w tym w ostatnim poście), że te zagęszczone nukleotydy w porach kominów hydrotermalnych zaczęły tworzyć dłuższe łańcuchy RNA, które stanowiły matrycę do budowania kolejnych łańcuchów, a wszystko odbywało się podczas naprzemiennego ochładzania i ocieplania środowiska. Lane napisał:

„(....) Mało tego, oscylujące temperatury ułatwiają replikację, w ten sam sposób, co podstawowa technika biologii molekularnej; łańcuchowa reakcja polimerazy (polymerase chain reakction PCR). W przypadku reakcji PCR podwyższona temperatura umożliwia rozdzielenie się nici DNA. Każda z nich staje się wtedy matrycą , a obniżenie temperatury pomaga w zsyntetyzowaniu nici komplementarnych. Powtarzanie tych cykli umożliwia ekspotencjonalną replikację.”

Konkluzja Lane'a sprowadza się do twierdzenia, że trudno wymarzyć sobie lepsze środowisko dla ewolucji życia niż kominy hydrotermalne, ponieważ:
1) Pory w nich przy stałym napływie produktów w postaci rybonukleotydów ułatwiają ich kondensację (stężenie).
2) Stężenie to ma skutkować powstawaniem większych łańcuchów RNA, które w końcu też zaczynały występować w znacznym stężeniu.
3) W dalszej części swoich rozważań Lane proponuje typ replikacji, jaki opisałem powyżej, a teraz jeszcze bardziej kwestię naświetlę, ponieważ mimo tego, że czyniłem to już wielokrotnie do Pilastera jakoś nie docierają merytoryczne argumenty.

Do rzeczy: Lane stwierdził, że replikacja w porach kominów hydrotermalnych zachodziła na zasadzie komplementarnego łączenia się nukleotydów do matrycy podczas naprzemiennego podwyższania i obniżania temperatury, a więc podobnie jak w technice PCR.

Dokładnie taki sam mechanizm zaproponował Jack Szostak, z tą różnicą, że jego „komórki” nie były porami w kominach hydrotermalnych, lecz pęcherzykami tłuszczowymi. Jack Szostak obstaje przy słuszności hipotezy „najpierw replikator” i nieco rozszerza argumentację Roberta Shapiro o kilka wywróżonych z sufitu szczegółów (papier przyjmie wszystko!).
Jack Szostak, uzyskał w laboratorium pęcherzyki tłuszczowe, które, gdy kilka z nich połączy się w większe kompleksy, potrafią podzielić się na kilka mniejszych (podobnie jak w niedzielnym rosole).
Kiedy powstają te pęcherzyki, to po drodze potrafią złapać kilka molekularnych śmieci np. w postaci fragmentów RNA (mogą one też do nich przenikać przez nieszczelne błony).
Kiedy powstałe z mniejszych pęcherzyki rozpadają się na kilka mniejszych, to każdy z potomnych pęcherzyków może zawierać kilka takich molekularnych śmieci.
Jack Szostak wydumał sobie, że taki proces mógł doprowadzić do powstania
wyrafinowanego enzymu umożliwiającego skuteczną replikację materiału
genetycznego proto-komórki oraz jej ewolucję w taki typ komórki, jaki obserwujemy współcześnie. W dodatku te spontaniczne łączenie się pęcherzyków i rozpadanie nazywa „proto-replikacją”, natomiast te molekularne śmieci nazywa „pierwotnym materiałem genetycznym”.
Jack Szostak twierdzi, że w czasie takiej ewolucji pojedyncze rybonukleotydy, które dostały się do takich pęcherzyków mogły łączyć się w dłuższe łańcuchy.
Następnie do tych łańcuchów spontanicznie dołączały się inne rybonukleotydy i na tej matrycy (bez udziału żadnego enzymu replikującego) powstawały komplementarne łańcuchy.
Następnym etapem, jaki przewiduje ten scenariusz jest oddzielanie się tych łańcuchów w wyniku wzrostu temperatury otoczenia (coś jak podczas przebiegu techniki PCR. Może stąd skojarzenia moich dyskutantów z grupy pl.sci.biologia).
Scenariusz zakłada, że kiedy temperatura otoczenia spadała komplementarne
łańcuchy rozdzielały się, co umożliwiało przyłączenie się do tych matryc kolejnych rybonukleotydów.
Następnie według tych spekulacji po spontanicznym rozpadzie pęcherzyka, w
którym rzekomo miała miejsce ta replikacja na zasadzie naturalnej skłonności
rybonukleotydów do spontanicznego komplementarnego parowania zasad, część w ten sposób powstałych łańcuchów polirybonukleotydowych przechodziła do potomnych pęcherzyków.
Jack Szostak spekuluje, że mutacje (błędy w parowaniu zasad) podczas tej
spontanicznej replikacji i odpowiednie czynniki selekcjonujące te błędy pod kątem odcedzania korzystnych, mogły napędzać ewolucję w stronę powstania złożonego enzymu, który byłby zdolny do przeprowadzania replikacji, jaką obserwujemy u współcześnie żywych organizmów.
Szostak spekuluje ponadto, że dalsza ewolucja, już z udziałem tego enzymu, mogła doprowadzić do powstania współczesnej żywej komórki z jej wyrafinowanym aparatem replikacji DNA.
Opisana zdolność do spontanicznego (bez udziału enzymu) łączenia się
komplementarnych łańcuchów rybonukleinowych, oraz ich oddzielania podczas
podnoszenia temperatury otoczenia jest wykorzystywana przez biotechnologów do przeprowadzania wielu badań.
Jednak Jack Szostak nawet takiej „ewolucji” nie uzyskał w swoich eksperymentach.
Natomiast twierdzenie, że taki proces byłby w stanie doprowadzić do powstania współczesnego życia to zwykła szarlataneria w naukowej otoczce!
Zanim przejdę do zacytowania pomysłów Jacka Szostaka w dwóch ilustracjach poglądowych podsumuję jego fantazje.

Teraz dodatkowo zamieszczę odpowiednie ilustracje, które pozwolą zrozumieć na czym polegały teoretyczne rozważania Szostaka i Lane'a odnośnie typu replikacji RNA, jaki zaproponowali dla prebiotycznego środowiska. Może w końcu Pilaster zrozumie dlaczego tyle pisałem o Jacku Szostaku i twierdziłem, że jego rozważania i rozważania Nicka Lane (a właściwie naukowców, których rozważania nick Lane opisuje w swojej popularnonaukowej książce) są bardzo podobne i tak naprawdę niczego nowego do wnioskowania w temacie dotyczącym pochodzenia życia nie wnoszą. To jest zwykłe bajkopisarstwo.

http://www.zgapa.pl/zgapedia/Świat_RNA.html
Problemy O ile co do wtórności DNA panuje konsensus, z koncepcją świata RNA wiąże się wiele problemów.
RNA, choć może być katalizatorem, jest katalizatorem raczej słabym (w porównaniu do białek). Dość kiepsko pełni też rolę nośnika informacji genetycznej. Jak na razie nie znaleziono RNA-enzymu katalizującego powielanie RNA, który mógłby być bardzo silnym argumentem za światem RNA. Spekuluje się więc, że być może to nie RNA ale jakaś inna cząsteczka była pierwszym nośnikiem genów. Do kandydatów należy m.in. PNA.

Fallacy of exclusion - Ten błąd logiczny powstaje wtedy, gdy ktoś pomija jakąś ważną informację, która podkopuje jego wnioskowanie.

Ipse dixit - Błąd ten powstaje wtedy, gdy ktoś próbuje uzasadniać swój pogląd w danej sprawie, odwołując się jedynie do swego własnego mniemania.

Non-support - Błąd ten powstaje zawsze wtedy, gdy ktoś wyciąga jakiś wniosek na podstawie zbyt małej ilości przesłanek lub na podstawie przesłanek, które są dobrane tendencyjnie.


Najpierw zaprezentuję ilustrację mojego autorstwa, która obrazuje typ replikacji RNA, o którego skuteczności i przydatności w „procesie powstawania życia” zapewniali zarówno Jack Szostak, jak i Nick Lane. Obaj zataili trudności jakie niosą ich hipotezy. A jakie to trudności? To te o jakich napisałem przy okazji omawiania słabych właściwości katalitycznych rybozymów i fakt, że do przyjęcia właściwej konformacji i jej zachowania potrzebują one specjalnych i złożonych białek.




Spontaniczne powstawanie pęcherzyków, do wnętrza których przenikają
molekularne śmiecie, m.in. w postaci fragmentów RNA.
1) Replikacja na zasadzie spontanicznego łączenia się pojedynczych
rybonukleotydów z matrycą.
2) Oddzielenie się dwóch komplementarnych łańcuchów po tym, jak w środowisku
podnosiła się temperatura (np. podczas dnia, gdy świeciło słońce). Czyli podobnie jak w technice PCR o czym napisał zacytowany wyżej Nick Lnae. Temperatura się obniżała łańcuchy RNA, które stanowiły matrycę rzekomo się rozdzielały (topniały), a następnie, kiedy środowisko się ochładzało przyłączały się do matrycy pojedyncze rybonukleotydy tworząc nowy łańcuch. I następnie temperatura się podnosi i cykl zaczyna się od początku.



Tak najprostszą ryboreplikację widzi Szostak, tak też wszystko ujął Nick Lane, z tym, że nasza mądra głowa Pilaster nie potrafi tego pojąć.

Podobna replikacja RNA miała zachodzić zdaniem Nicka Lane w porach podczas prebiotycznych reakcji biochemicznych w kominach hydrotermalnych. Jack Szostak miał identyczne pomysły o czym świadczą ilustrację z jego artykułu:



Na pierwszej ilustracji Szostak proponuje ten sam typ ryboreplikacji, co Nick Lane w kominach hydrotermalnych. Czy Pilaster teraz zrozumiał, czy dalej będzie brnął w swoją kompromitację?







Proszę też zauważyć, że w scenariuszu Jacka Szostaka nagle pojawia się jakaś bliżen nieokreślona, będąca efektem jego imaginacji, replikaza złożona z RNA, która zastępuje replikację na zasadzie komplementarnego łączenia nukleotydów, czyli całkiem podobnie, jak podczas przebiegu techniki PCR. Lane przynajmniej twierdzi, że tak złożony enzym nie mógł powstać podczas pierwszych etapów ewolucji prebiotycznej i dopiero dalsza STOPNIOWA ewolucja mogła wytworzyć takie rybozymy, lub replikazy białkowe. Jak to powiedział Szymborski uczeni zapytani, jak powstało Życie odpowiadają jednomyślnie: STOPNIOWO.


Może dla głębszego zrozumienia wyjaśnię jeszcze niewtajemniczonym jak przebiega proces PCR (reakcji łańcuchowej polimerazy):

Technika PCR Jest to zaplanowany i kontrolowany przez inteligentnego człowieka proces, który wykorzystuje naturalną (uzyskaną z żywych organizmów) skomplikowaną maszynę molekularną polimerazę DNA (i to specjalny jej typ, odporny na wysokie temperatury) oraz pobrane z żywych komórek fragmenty DNA, które mają ulec namnożeniu (amplifikacji) i nukleotydy.
Syntetyzuje się startery, dostarcza odpowiednią ilość substratu (wysokoenergetycznych nukleotydów) i wszystko umieszcza w precyzyjnym urządzeniu elektronicznym (amplifikatorze), które poprzez naprzemienne podnoszenie i obniżanie temperatury w mieszance reakcyjnej umożliwia rozdzielanie się powielonych
fragmentów DNA i ponowne przyłączenie się do nich polimeraz DNA, w celu
rozpoczęcia kolejnego cyklu replikacyjnego. I tak aż do wyczerpania substratów (nukleotydów).






RNA nie może zajrzeć poza czubek własnego nosa, I NOGDY NIE WYTWORZY W ROZTWORZE JAKIEGOKOLWIEK ZŁOŻONEGO UKŁADU.

I to właśnie pilaster cały czas pisał.

Gdzie i w jakim sensie? Czy Pilaster może w końcu coś konkretnego napisać i wykazać się zrozumieniem tematu?

Proszę też zauważyć, że bioslawek, typowo dla swojej formacji ideologicznej, urwał cytat dokładnie przed miejscem, gdzie Lane wyjaśnia rozwiązanie tego paradoksu.

Kłamstwo. Nie cytowałem dosłownie, ale przecież stwierdziłem jego dalsze poglądy, a ty zarzucasz mi nieuczciwość? Mam twoim zdaniem przepisywać całą książkę? No proszę udowodnij mi podszytą przekonaniami ideologicznymi manipulację. Zacytuj, co Lane napisał dalej i wykaż, że coś pominąłem!

Nie wierzę, żeby taki znany biochemik jak Nick Lane o tym [czymkolwiek -p] nie wiedział!

dalszej części swojego pseudonaukowego wywodu.

W DALSZYM CIĄGU SWOJEGO SPRZECZNEGO Z ROZUMIEM WYWODU

zdaniem tego bajkopisarza

bajkowe procesy mgliście naszkicowane przez Nicka Lane'a.

oszukuje cię taki szarlatan, jak Nick Lane.

Czyli propozycja podobna do tej, jaką zaproponował Jack Szostak,

Propozycja zupełnie niepodobna do tej, jaką zaproponował Jack Szostak. Jak zwykle bioslawek nie mając gotowej odpowiedzi w przyborniku, usiłuje dostosować odpowiedź "najbardziej podobną".

Propozycja jest nie tylko PODOBNA, ale w pewnych momentach wręcz INDENTYCZNA, co ci wykazałem wyżej (w pierwszej odpowiedzi w tym poście). Ale skąd ty możesz o tym wiedzieć skoro nie znasz podstaw biologii, na których opierają się prace zarówno Szostaka, jak i Lane'a. I dlaczego wyszczególniłeś akurat te cytaty? Przecież one są podsumowaniem merytorycznych wywodów, które w sposób merytoryczny udowadniają dlaczego uważam, że Lane uprawia szarlatanerię! Popełniasz więc błąd logiczny:

Reductio ad absurdum - Błąd ten powstaje wtedy, kiedy za pomocą uproszczenia sprowadzamy całość do jakiejś części, tworząc jej karykaturalny obraz, mający niewiele wspólnego z rzeczywistością.

Jak zwykle jedynym argumentem bioslawka mającym dyskredytować hipotezy przedstawiane przez Lane'a jest to, że nie podobają się one bioslawkowi.

Które hipotezy konkretnie masz na myśli i pokaż, gdzie napisałem, że ich nie akceptuję jedynie dlatego, że mi się nie podobają. Jak zwykle blefujesz..I proszę mi nie wyrywać, w twoim zwyczaju, z kontekstu!

[fauxpas]

I u ateistów też:

http://ateista.pl/showthread.php?t=11582&page=2

Wow, do dziś nie odpowiedziałeś na pytania pilastra? Czy tu, poza tamtym forum, mógłbyś napisać, czemu tego nigdy nie zrobiłeś?

Tak się złozyło, że nie tylko mi podpadał ten bełkot Pilastera, który ty nazywasz "pytaniami bez odpowiedzi". Na Forum Katolików dostał ostrzeżenie i zakaz spamowania tymi swoimi "pytaniami". Moderator, ktory dał ten zakaz jest bardzo przychylny ewolucjonistom, więc powinno cię to dziwić. Pilasterowi natomiast złoiłem skórę w temacie (a)biogenezy http://www.dyskusje.katolik.pl/viewtopi ... 2&start=90 przy okazji wykazując mu, że jest nieukiem i arogantem. Pilaster zdezerterował i uciekł od dyskusji, a ja nie będę kopal leżącego.

Oh, niewątpliwie pokazałeś mu, gdzie pieprz rośnie, na pewno, oraz w całą pewnością pilaster to bezwstydny złoczyńca, ale... to nadal nie zmienia faktu, że nie odpowiedziałeś na jego pytania . Nie wyglądają one dla mnie jak bełkot, a przemilczenie ich niestety ujmuje Ci nieco z wiarygodności.

No ale jak chcesz, nie wykluczam, że masz rację ;].

[biooslawek]

I u ateistów też:

http://ateista.pl/showthread.php?t=11582&page=2

Wow, do dziś nie odpowiedziałeś na pytania pilastra? Czy tu, poza tamtym forum, mógłbyś napisać, czemu tego nigdy nie zrobiłeś?

Tak się złozyło, że nie tylko mi podpadał ten bełkot Pilastera, który ty nazywasz "pytaniami bez odpowiedzi". Na Forum Katolików dostał ostrzeżenie i zakaz spamowania tymi swoimi "pytaniami". Moderator, ktory dał ten zakaz jest bardzo przychylny ewolucjonistom, więc powinno cię to dziwić. Pilasterowi natomiast złoiłem skórę w temacie (a)biogenezy http://www.dyskusje.katolik.pl/viewtopi ... 2&start=90 przy okazji wykazując mu, że jest nieukiem i arogantem. Pilaster zdezerterował i uciekł od dyskusji, a ja nie będę kopal leżącego.

Oh, niewątpliwie pokazałeś mu, gdzie pieprz rośnie, na pewno, oraz w całą pewnością pilaster to bezwstydny złoczyńca, ale... to nadal nie zmienia faktu, że nie odpowiedziałeś na jego pytania . Nie wyglądają one dla mnie jak bełkot, a przemilczenie ich niestety ujmuje Ci nieco z wiarygodności.(...)

Niczego mi nie ujmuje, ponieważ żaden przyrodnik nie musi się znać na wszystkim. Częściowa wiedza do jakiej si ę poczuwam, to biologia molekularna i biologia rozwoju. Nie znam się na matematycznych aspektach genetyki populacyjnej. Dlatego też poradziłem się matematyka w kwestii postu Pilastera i on powiedział,że jest błędna. Dlatego też poprosiłem Pilastera o udzielenie mi odpowiedzi. Bez rezultatu:

http://www.dyskusje.katolik.pl/viewtopi ... 12&t=21923

"(....)Przy okazji zaznaczam, że nie mam obowiązku odpowiadać Pilasterowi na jakiekolwiek posty. Pilaster to w moich oczach troll i spamer, któremu nie zależy na poznaniu prawdy. Więc urwałem z nim jakiekolwiek dyskusje. On jednak nie może się z tym faktem pogodzić i usiłuje wymusić na mojej osobie dyskusje, w tym celu wklejając jakieś pseudo – filozoficzne i pseudo matematyczne brednie. Swego czasu na Forum Ateista. Pl spasowałem i poprosiłem go aby podał wyjaśnienie swojej zagadki i napisał na czym polega jego matematyka. W odpowiedzi doczekałem się dodatkowych klonów. Uprawianie takiego spamu na Forum prowadzi do rozwalania przebiegu normalnej dyskusji, a w szerszym zakresie do rozkładu życia na całym Forum. Uważam, że jeżeli ktoś nie jest mojego zdania, to jest wrogiem tego Forum i rzetelnej dyskusji. Toteż proszę Moderację o zrobienie z tym fantem porządku i upomnienie Pilastera."

Więc jak widzisz ja mam czyste sumienie.

[fauxpas]

I u ateistów też:

http://ateista.pl/showthread.php?t=11582&page=2

Wow, do dziś nie odpowiedziałeś na pytania pilastra? Czy tu, poza tamtym forum, mógłbyś napisać, czemu tego nigdy nie zrobiłeś?

Tak się złozyło, że nie tylko mi podpadał ten bełkot Pilastera, który ty nazywasz "pytaniami bez odpowiedzi". Na Forum Katolików dostał ostrzeżenie i zakaz spamowania tymi swoimi "pytaniami". Moderator, ktory dał ten zakaz jest bardzo przychylny ewolucjonistom, więc powinno cię to dziwić. Pilasterowi natomiast złoiłem skórę w temacie (a)biogenezy http://www.dyskusje.katolik.pl/viewtopi ... 2&start=90 przy okazji wykazując mu, że jest nieukiem i arogantem. Pilaster zdezerterował i uciekł od dyskusji, a ja nie będę kopal leżącego.

Oh, niewątpliwie pokazałeś mu, gdzie pieprz rośnie, na pewno, oraz w całą pewnością pilaster to bezwstydny złoczyńca, ale... to nadal nie zmienia faktu, że nie odpowiedziałeś na jego pytania . Nie wyglądają one dla mnie jak bełkot, a przemilczenie ich niestety ujmuje Ci nieco z wiarygodności.(...)

Niczego mi nie ujmuje, ponieważ żaden przyrodnik nie musi się znać na wszystkim. Częściowa wiedza do jakiej si ę poczuwam, to biologia molekularna i biologia rozwoju. Nie znam się na matematycznych aspektach genetyki populacyjnej.

Ok, teraz rozumiem, dzięki ;].
Powodzenia!