W świadomości większości Polaków pokutuje twierdzenie, że dobrze się stało, iż bracia polscy zostali wygnani, skoro wyznawali skrajny radykalizm społeczny i religijny, a i w potopie odegrali znaczną rolę. Czy faktycznie?
Przede wszystkim, okres ich najbardziej stereotypowego radykalizmu to II poł. XVI w., kiedy to faktycznei szlachcice ariańscy uwłaszczali swoich chłopów, odmawiając jednocześnie służby wojskowej, a i sam ruch składał się w większości z plebejuszy. Jednak już na początku następnego stulecia, wraz z ekspansją wyznania na Litwę, narażoną na ataki ze strony Moskwy, nabrało ono bardziej pro-państwowego charakteru, także chłopi nie otrzymywali już wolności, choć oczywiście bracia polscy dalej zalecali o wiele większy humanitaryzm w ich traktowaniu, niż reszta wyznań.
Początek końca korzystnego dla braci klimatu politycznego nadszedł jednak szybko, bo już w 1638 r. zamknięto znaną na całą Europę Akademię Rakowiecką, co warto pokrótce omówić, bo narosło wokół tej sprawy sporo legend. Oficjalnym powodem kontrowersji miało być zniszczenie przydrożnego krzyża przez grupę uczniów Akademii, w efekcie czego środowiska kontrreformacyjne rozpoczęły nagonkę na bezbożników, doprowadzając do faktycznego unieszkodliwienia centrali arianizmu w kraju (zamknięcie akademii, miejscowej drukarni i zboru). Czy jednak faktycznie powodem wandalizmu krzyża ze strony chrystian były wzglęgy religijne? W dawnej Polszy przecież do oznaczania granic gruntów służyły m.in. polne krzyże właśnie, stąd popularność zdobywa teoria, wedle której miał to być wyraz zwykłej zwady sąsiedzkiej o ziemię, nie tak przecież rzadkiej w owym czasie. Faktem pozostaje jednak, że upadek Rakowa był ważnym zwycięstwiem kontrreformacji, dzięki któremu osłabionych braci można było zacząć dyskryminować na szerszą skalę, aż w roku 1647 wyrokiem sądu sejmowego zamknięto wszystkie szkoły i drukarnie braci w całej Rzeczypospolitej.
Nie dziwi więc chyba teraz fakt, że część(!) braci w czasie potopu szansę na przywrócenie dawnych praw widziała w osobie protestanta, króla Szwecji. Warto jednak dodać, że choć wpływy ariańskie po stronie kolaborantów były znaczne (wsparcia Szwedom udzieliła przede wszystkim elita członków wyznania), to jednak proporcjonalnie kolaborantów względem lojalistów było wśród arian najmniej wśród wszystkich wyznań. Kościół jednak i tym razem umiał umiejętnie wykorzystać fakty na swoją korzyść i odpowiednio urobić opinię publiczną, dlatego kozłem ofiarnym niekompetencji kraju w wojnie ze Szwecją zrobiono właśnie braci polskich. Pokutuje to zreszta do dziś, skoro Komeńskiego kojarzy się z arianami, chociaż sam był bratem czeskim! I nawet mimo protekcji pozostałej szlachty innowierczej, to bracia zostali obarczeni winą, choć przecież wybaczono Radziejowskiemu, a i Sobieski, przez długi czas wierny poddany Carolusa, mógł zostać w przyszłości królem. Większość braci musiała opuścić ojczyznę i była to pierwsza z wielu w naszych dziejach wielka emigracja.
Swoją drogą ironią historii pozostaje fakt, że w czasie, gdy Zachód mordował się w wojnach religijnych, my doszliśmy do parlamentaryzmu i tolerancji wyprzedzających epokę, zaś w momencie przejęcie tych idei przez Zachód, my na powrót zanurzyliśmy się w barbarzyństwie mentalnym. Znamienny jest też fakt, że od czasu ślubów lwowskich, wypędzenia braci polskich i rosnącej ultrakatolicyzacji zauważyć można stopniowy upadek Polski. Doszło nawet do tego, że w czasie, gdy nasza szlachta wywołała konfederację, aby nie przywracać innowiercom praw politycznych, w amerykańskiej konstytucji wolność sumienia motywowano m.in. tradycjami wywodzacymi się od braci polskich...
Reasumując - wygnanie arian to jedno z największych nieszczęść, jakie nam się przydarzyło. Nie dziwmy się, jak mizerny poziom intelektualny, kulturalny i mentalny reprezentują do dziś Polacy (tak katolicy, jak i wielu protestantów
), skoro sami wyrzuciliśmy z kraju nasze elity, aby pracowały na zachodnie Oświecenie.